南區國稅局表示，依加值型及非加值型營業稅法規定，營業人的進項稅額准予扣抵，應以已申報者為前提，如果營業人未申報銷售額、應納或溢付營業稅額，在被查獲後才提出進項憑證，則不准扣抵其所漏稅額。

該局進一步說明，轄內甲公司在98年11至12月間銷售貨物，雖已依法開立統一發票，但漏未於次期開始15日內申報及繳納應納的營業稅額，經國稅局查獲，除補徵營業稅額外，並處以罰鍰。甲公司不服，主張其自違章行為發生日起至查獲日止，雖尚未申報相關的進項稅額，但仍可在計算本件漏報營業稅額時扣減為由，循序提起行政救濟，但遭高等行政法院判決甲公司敗訴，最後上訴到最高行政法院，仍遭判決上訴駁回。

最高行政法院判決理由指出，依營業稅法規定，我國關於進項稅額的扣抵係採申報制，未經申報者，即無法主張扣抵或退還，則營業人所漏報的營業稅額，只能扣減自違章行為發生日起至查獲日止經稽徵機關核定的各期累積留抵稅額，也就是已經申報的進項稅額。故納稅義務人在被查獲後雖提出合法的進貨憑證，如果不是在稽徵機關查獲時已申報的進項憑證，就無法據以主張有留抵稅額可供扣抵；否則等於讓營業人存有不必誠實申報營業稅的僥倖，將使我國加值型營業稅是透過進、銷項申報進行稽徵的制度破壞殆盡。而本件甲公司主張應扣抵其所漏稅額的進項憑證，既屬甲公司在本件查獲前未申報扣抵的進項憑證，依法於核算本件漏稅額時，自不得作為留抵稅額據以扣抵甲公司漏報的銷項稅額，國稅局不准其扣抵查獲前未申報的進項稅額，並無違誤，因此判決甲公司敗訴。

該局提醒營業人，有銷售貨物或勞務時，應依規定按期申報營業收入及成本費用，以維護自身權益，如果在被查獲有漏報銷售額後，縱使提出合法的進項憑證，也不能扣抵所漏稅額。